கோயமுத்தூருக்கு எவ்வாறு பெயர் வந்தது என்பதற்கு ஏராளமான விளக்கங்கள் சொல்லப்படுகின்றன. கோனியம்மன் பெயரில் ஊர் பெயர் உருவாகியதாக கூறப்படுகிறது. கோவன் என்ற அரசன் ஆட்சி செய்ததால் கோவன்புதூர் உருவாகி, அது மருவி கோயமுத்தூர் ஆகிப்போனதாக கூறுகின்றனர். போர் செய்வதையே தொழிலாக கொண்ட கோசர்கள் ஆட்சி செய்ததால் காலப்போக்கில் இந்த பெயர் மாறிப் போனதாகவும் கூறப்படுகிறது.
கோவை அரசு கலைக் கல்லூரி முன்னாள் மாணவர் கோவைக்கிழார் சி.எம்.ராமச்சந்திரன் செட்டியார்(1888-1969), இருளர் தலைவன் கோனமூப்பன் பெயரில் இந்த ஊர் உருவானதாக கூறியுள்ளார். சோழன்பூர்வ பட்டயம் கோவன்பதி என்கிறது. புக்கானும் கோவன்பதி என்றே அழைக்கிறார். 13-ம் நூற்றாண்டு கல்வெட்டில் பேரூர் நாட்டு கோவன்புத்தூரான வீரகேரளநல்லூர் என்பது வீரகேரளன் என்பவன் இந்த பகுதியை கிபி 1048 முதல் 1077 வரை ஆட்சி செய்து வந்ததை தெரியப்படுத்துகிறது.
15-ம் நூற்றாண்டு திருப்புகழ் கோவை மாநகர் எனப் பாடுகிறது. 1733-ல் எழுதப்பட்டுள்ள கிணத்துக்கடவு செப்பேட்டில் கோவன்புத்தூர் என எழுதப்பட்டுள்ளது. 1761-ல் எழுதப்பட்டுள்ள மற்றொரு செப்பேட்டிலும் இதே நிலைதான் இருக்கிறது. 1765-ல் எழுதப்பட்டுள்ள செப்பேட்டில் கோயமுத்தூர் பெயர் இல்லை. இந்த செப்பேடு தற்போது திருவாவடுதுறை ஆதீனத்தில் உள்ளது.